Se trata de un espacio privado y su visita se realiza con guía cada 45 minutos aproximadamente. La Sinagoga del Agua está compuesta por seis espacios, destaca la sala de baño ritual de purificación, espacio dedicado a los baños rituales de purificación tan común en las costumbres judías. Otro de los espacios es la Galería de la Mujeres, lugar que ocupaban éstas durante las ceremonias y ritos, ocultas tras celosías. La sala “Del Inquisidor”, con el patio, bodega y hornos se corresponden con las dependencias que conformaban en la edad media la posible casa del rabino.